国際セクション
国際セクションには英語、スペイン語、ドイツ語、イタリア語、日本語、ポーランド語、ポルトガル語、中国語、アラビア語科があります。 各セクションでは、その言語を母国語とする教師によりその国の国語/文学と地理/歴史を学びます。
セクションの授業は教育省のプログラムの一般授業とともに時間割に組み込まれています。
在籍生徒は中学卒業資格DNBとバカロレアを国際オプションで取得することが可能です。
日本語科と英語科はそれぞれセクション生徒保護者会による私立運営のため有料となっています。
最新情報はCSI学園本部のホームページをご参照ください。
小学部
リヨン国際学園小学部は、全児童数約560名、CP（日本の幼児年長・小１前期）からCM２（日本の小４後期・小５前期）の学年へ就学する児童を受け入れており、教育内容はフランス教育省の規定プログラムに準じます。
外国語科以外の授業料は公費で負担され、教科書は支給されます。
小学部では、各自が所属する「ホームクラス」（各セクションの児童が入り混じったクラス）でのフランス語による授業が週18時間、加えて各セクションに分かれての当該言語による授業が週6時間行われます。
CPとCE1（日本の小1後期・小2前期）の学年は、体育の授業として、校外のプールで水泳を習います。
フランス語を習得していない、または十分に習得していない児童はFLS(外国人向けフランス語習得クラス)に受け入れられます。
中学部
中学部は、日本の小学6年生から中学3年生まで（6ème、5ème 、4ème 、3ème ） の4年間で、ホームクラスにおける履修教科はフランス教育省の規定プログラムに準じます。
外国語の履修
6èmeよりセクションの言語のほかに、第１外国語（Langue Vivante 1）として英語、スペイン語、ドイツ語の中からひとつ選択します。また、5 èmeからは第２外国語（Langue Vivante 2）として上記3カ国語にイタリア語と中国語を加えた5ヶ国語の中からひとつを選択します。なお５ème以降、希望者はラテン語を追加履修することもできます。
中学校終了資格試験 DNB （Diplôme National du Brevet）
3 èmeの6月に中学校修了資格試験DNB（Diplôme National du Brevet）が行われます。国際セクション在籍生は国際オプション（Option Internationale）を受験し、成績にセクションの授業科目（日本語科の場合は国語と社会）の評価が加えられます。
保護者説明会・個人面談（Recontre Parents-Professeurs）
年度当初に保護者懇談会が行われ、ホームクラス、国際セクションクラスの担当教師からその学年の授業計画、内容などについて説明を受けます。また、年度中期には学園側から個人面談日が提示され、希望する教科担当教師と面談することも可能です。
クラス会議（Conseil de Classe）
各学期ごとにホームクラス単位でクラス会議が開かれます。中学校長、生徒指導担当、一般教科担当教師、セクション担任教師と共に、ホームクラスごとに選出された保護者代表と生徒学級委員が出席します。
テスト結果・宿題・成績
インターネットサイト「PRNOTE」にて随時確認できるシステムになっています。年度当初にアクセスコードが保護者に送られます。学期末には封書にて各教科担任の評価が記載された成績表が各家庭に送付されます。
中学部での生活
年度当初保護者が学校に届出することにより、中学生はひとりで地下鉄、バスを使って登下校することも可能となります。また、小学生と同様、スクールバスを利用することもできます。 授業は原則、8時55分〜16時30分までです。 （履修教科、時間割によっては例外的に8時開始、あるいは17時25分終了になる場合もあります。） ただし、水曜日の授業終了時間は13時35分です。
*フランス語補強クラス（FLS・FLE）、選択教科の違いにより，生徒によって登下校する時間が違うことがあります。
給食
各自が5、6、7時間目（11時50分〜14時30分）の間の空き時間に中学部の食堂で昼食をとります。昼食時間は時間割に準ずるため、曜日によって異なることもあります。
高校部
高校部は、日本の高校1年生から3年生まで（2nde, 1ère, Terminale）の3年間です。
フランスの公教育では、2019年に制定されたブランケール法により、3歳から16歳までが義務教育を受け、それ以降18歳までの期間は研修義務（Obligation de formation）として、学校教育、職業見習い等を行うよう定められています。CSIは公立校なので、高校部の学費は無償です。
高校部からは、小中学部からの国際セクション（Section Internationale）および、学区の生徒も受け入れた一般セクション（Section Générale）、ヨーロピアンセクション（Section Européenne (Allemand)）を加えたクラス編成となります。
進路選択
中学部3èmeで、進学先としての高校（普通高校 Lycée Général、工業高校 Lycée technologique、高等専門学校 Lycée professionnelなど）を選択しますが、CSIは普通高校です。
希望があれば高校から第3外国語として新たに習得したい言語教科を2nde進級登録時に追加で選択できます。
高校部2nde修了前には1ère進級に向け、将来の方向性を視野に入れた科目を3つ選択します。
高校部1ère時点ではTerminale進級に向け、選択した3つの科目のうち進学したい大学に必要な2科目に絞ります。
個人面談（Recontre Parents-Professeurs）や学校の進路相談（conseiller d'orientation）が教科選択の参考になります。
高校卒業資格試験 Baccalauréat
フランスでは、Terminale（一部の科目は1ère）の学年末にバカロレア（Baccalauréat）と呼ばれる国家試験が行われ、この試験に合格すると高校卒業資格が得られると同時に、フランスの大学に入学する資格が得られます。
国際セクションに在籍する生徒のバカロレアについては、こちらのページをご参照ください。
高校部での生活
高校生のスクールバス利用は不可とされています。
多くの生徒は、地下鉄・バスなどの公共交通機関を利用して登下校します。
授業時間帯は8時（1時間目）から18時過ぎ（11時間目）まで。教科選択などにより、各生徒ごとに時間割が違います。
学校への出入りにあらかじめ保護者や学校の許可を取る必要はありません。
給食
高校部食堂を利用できる時間帯は、中学部と同じです。
授業の合間に校外での外食や、一時帰宅・再登校することも可能です。
その他
クラス会議（Conseil de Classe）、テスト結果・宿題・成績については、中学部とほぼ同じです。