国際セクション
国際セクションには英語、スペイン語、ドイツ語、イタリア語、日本語、ポーランド語、ポルトガル語、中国語、アラビア語科があります。
それぞれのセクション運営は各保護者会（APESA, APEG, APESE, APESI, APESJ, APESP, APESLP, APESC, APESAR）と共に機能していいます。
各セクションでの授業（言語と各国文化）は、セクションの言語を母国語とする外国人教師が行います。
学年毎に時間割が組まれ、これらの授業の際、児童は各セクション専用の教室に移動します。
英語科および日本語科の授業と入学テストは有料です。
詳細は各セクションにお問い合わせください。
最新情報はCSI学園本部のホームページをご参照ください。
小学部
リヨン国際学園小学部は、CP（日本の幼稚園年長・小１前期）から CM2（日本の小 4 後期・小 5 前期）の学年へ就学する児童を受け入れており、教育内容はフランス教育省の規定プログラムに準じます。
外国語科以外の授業料は公費で負担され、教科書は支給されます。
新学期は 9 月初日、学年末は 7月上旬です。
この間約 7 週間毎に2週間の休暇があります。
授業は、毎週月曜から金曜（水曜は授業がなく午前中に希望者を対象とした有料の課外活動があります）。
小学部の授業時間数は、各自が所属する「ホームクラス」（セクションの児童が入り混じったクラス）でのフランス語による教育が週 18 時間、加えて国際セクションでの各言語による授業が週 6 時間あります 。
小学部は全児童数 567 名で 21 クラスあり、各クラスの平均生徒数は 27 名です。
CPとCE1（日本の小1後期・小2前期）の学年は、体育の授業として、校外のプールで水泳を習います。
フランス語習得/補強授業
フランス語が初めて、あるいは習得していない児童は、フランス語習得授業（FLS）又はフランス語補強授業を少人数で受けます。
教師陣は、フランス人教師 25 名そのうち 2 名が FLS 担当、そして外国人教師 23 名で構成され、学校長は M. Gilles BENINCASA です。
その他、校長補佐 2 名、司書教諭が 1 名勤務しています。
入学規定
国際セクションの教育目的は、外国人生徒が自国の文化背景を維持しながらフランスの教育システムに速やかに同化できるようになること、そしてフランス人生徒が既に習得している外国語知識をさらに深めることにあります。
入学テストは新学期前に行われます。CP から CM2 までの全ての受験者に対しては、各セクション言語による筆記および口述試験が行われ、全ての CP 受験者に対しては、フランス語の口述試験も行われます。
CP 以外の学年（CE1 から CM2）でフランスで就学中の受験者ついては、過去と本年度の評価表を元に両言語の課程について行く能力があるかどうか判断されます。
フランス以外の学校（や幼稚園）から来る受験者に対しては、（セクションの科目の他に）フランス語と算数の試験も行われます。
最終的な合格者は、合格レベルに達している人の中から、下記の優先順位によって決められます（上の段ほど優先順位が高くなります）。
➢ 本校との提携規約のある機関に保護者が在籍している受験者
（インターポール、CIRC、コレジウム、領事関係）
➢ フランス語圏外から転入予定のフランス語を母語としない受験者
➢ フランス語圏外から転入予定のフランス語を母語とする受験者
➢ フランス語圏に就学（幼稚園含む）経験のある受験者
中学部
中学部は、日本の小学6年生から中学3年生まで（6ème、5ème 、4ème 、3ème ） の4年間で、ホームクラスにおける履修教科はフランス教育省の規定プログラムに準じます。
外国語の履修
6èmeよりセクションの言語のほかに、第１外国語（Langue Vivante 1）として英語、スペイン語、ドイツ語の中からひとつ選択します。また、5 èmeからは第２外国語（Langue Vivante 2）として上記3カ国語にイタリア語と中国語を加えた5ヶ国語の中からひとつを選択します。なお５ème以降、希望者はラテン語を追加履修することもできます。
中学校終了資格試験 DNB （Diplôme National du Brevet）
3 èmeの6月に中学校修了資格試験DNB（Diplôme National du Brevet）が行われます。国際セクション在籍生は国際オプション（Option Internationale）を受験し、成績にセクションの授業科目（日本語科の場合は国語と社会）の評価が加えられます。
保護者説明会・個人面談（Recontre Parents-Professeurs）
年度当初に保護者懇談会が行われ、ホームクラス、国際セクションクラスの担当教師からその学年の授業計画、内容などについて説明を受けます。また、年度中期には学園側から個人面談日が提示され、希望する教科担当教師と面談することも可能です。
クラス会議（Conseil de Classe）
各学期ごとにホームクラス単位でクラス会議が開かれます。中学校長、生徒指導担当、一般教科担当教師、セクション担任教師と共に、ホームクラスごとに選出された保護者代表と生徒学級委員が出席します。
テスト結果・宿題・成績
インターネットサイト「PRNOTE」にて随時確認できるシステムになっています。年度当初にアクセスコードが保護者に送られます。学期末には封書にて各教科担任の評価が記載された成績表が各家庭に送付されます。
中学部での生活
年度当初保護者が学校に届出することにより、中学生はひとりで地下鉄、バスを使って登下校することも可能となります。また、小学生と同様、スクールバスを利用することもできます。 授業は原則、8時55分〜16時30分までです。 （履修教科、時間割によっては例外的に8時開始、あるいは17時25分終了になる場合もあります。） ただし、水曜日の授業終了時間は13時35分です。
*フランス語補強クラス（FLS・FLE）、選択教科の違いにより，生徒によって登下校する時間が違うことがあります。
給食
各自が5、6、7時間目（11時50分〜14時30分）の間の空き時間に中学部の食堂で昼食をとります。昼食時間は時間割に準ずるため、曜日によって異なることもあります。
高校部
高校部は、日本の高校1年生から3年生まで（2nde, 1ère, Terminale）の3年間です。
フランスの公教育では、2019年に制定されたブランケール法により、3歳から16歳までが義務教育を受け、それ以降18歳までの期間は研修義務（Obligation de formation）として、学校教育、職業見習い等を行うよう定められています。CSIは公立校なので、高校部の学費は無償です。
高校部からは、小中学部からの国際セクション（Section Internationale）および、学区の生徒も受け入れた一般セクション（Section Générale）、ヨーロピアンセクション（Section Européenne (Allemand)）を加えたクラス編成となります。
進路選択
中学部3èmeで、進学先としての高校（普通高校 Lycée Général、工業高校 Lycée technologique、高等専門学校 Lycée professionnelなど）を選択しますが、CSIは普通高校です。
希望があれば高校から第3外国語として新たに習得したい言語教科を2nde進級登録時に追加で選択できます。
高校部2nde修了前には1ère進級に向け、将来の方向性を視野に入れた科目を3つ選択します。
高校部1ère時点ではTerminale進級に向け、選択した3つの科目のうち進学したい大学に必要な2科目に絞ります。
個人面談（Recontre Parents-Professeurs）や学校の進路相談（conseiller d'orientation）が教科選択の参考になります。
高校卒業資格試験 Baccalauréat
フランスでは、Terminale（一部の科目は1ère）の学年末にバカロレア（Baccalauréat）と呼ばれる国家試験が行われ、この試験に合格すると高校卒業資格が得られると同時に、フランスの大学に入学する資格が得られます。
国際セクションに在籍する生徒のバカロレアについては、こちらのページをご参照ください。
高校部での生活
高校生のスクールバス利用は不可とされています。
多くの生徒は、地下鉄・バスなどの公共交通機関を利用して登下校します。
授業時間帯は8時（1時間目）から18時過ぎ（11時間目）まで。教科選択などにより、各生徒ごとに時間割が違います。
学校への出入りにあらかじめ保護者や学校の許可を取る必要はありません。
給食
高校部食堂を利用できる時間帯は、中学部と同じです。
授業の合間に校外での外食や、一時帰宅・再登校することも可能です。
その他
クラス会議（Conseil de Classe）、テスト結果・宿題・成績については、中学部とほぼ同じです。